Organización
Para cumplir con sus objetivos, la APJ se encuentra organizada en 15 departamentos:
Bienestar y apoyo asistencial
Contribuir con el bienestar y desarrollo de los miembros de la comunidad nikkei es uno de los objetivos de la APJ, que es cumplido a través de los departamentos de Asistencia Social, que apoya a quienes atraviesan una difícil situación; del Centro Recreacional Ryoichi Jinnai, que brinda un completo programa dirigido a los adultos mayores; y del Crédito Educativo y Becas, que beneficia a estudiantes nikkei con el financiamiento de sus estudios superiores y el conocimiento de las oportunidades de estudio en Japón y otros países.
Servicios de salud
A través de nuestro departamento de Salud, integrado por la Clínica Centenario Peruano Japonesa y el Policlínico Peruano Japonés, cumplimos una labor de servicio a la comunidad, brindando una atención de excelencia.
Además de los servicios médicos, el Departamento de Salud de la APJ propicia la investigación científica, organizando cada año el Curso Internacional de Medicina, que se ha convertido en uno de los más importantes eventos nacionales de salud.
Servicios de educación
El departamento de Educación, a través de la Unidad de Cursos y el CETPRO Peruano Japonés Escuela, se encarga de brindar cursos de proyección social, idioma japonés, artes marciales, etc., promoviendo también el emprendimiento de miles de personas, a través de los cursos libres y cursos empresariales, así como carreras técnicas, seminarios y diplomados.
Soporte institucional
Un necesario respaldo a las diversas actividades de la APJ es brindado por los departamentos de Organización, que propicia la integración entre las instituciones nikkei; Comunicaciones y Marketing, encargada de promover y difundir la imagen de la institución; Juventudes, que promueve el desarrollo dirigencial y la integración de los jóvenes nikkei; y Relaciones Nacionales e Internacionales, encargado de coordinar proyectos y acciones con diversas instituciones.